信号分布在哪里？
研究特定表达信号在组织切片中的分布，观察它们与形态区域的对应关系。
组织空间与微环境研究
理解分子信号，也理解它所在的位置。
组织结构保留着重要的生物学线索。将分子读出与切片位置、形态图像相联系，为研究区域表达、组织边界与局部微环境提供空间视角。
研究问题
空间研究关注什么。
边界两侧有什么差异？
围绕肿瘤边缘、组织分区或其他感兴趣区域，比较表达格局与区域特征。
局部环境如何组成？
结合组织图像与分子信息，探索免疫相关信号、组织结构及其他区域特征的空间关系。
空间研究的三个要素
图像、坐标与分子信息，相互参照。
组织形态
提供切片结构和感兴趣区域的观察依据。
空间坐标
将捕获区域的分子读出映射回对应位置。
表达信息
支持对区域分布及表达差异的研究分析。
方案设计
组织选择与切片设计。
- 01
明确区域与样本
事先确定组织方向、感兴趣区域、比较组别与重复，减少切片选择带来的解释偏差。
- 02
匹配组织与捕获区
根据组织形状与研究区域选择芯片版型，结合形态与 RNA 质量评估切片的实验可行性。
- 03
统筹成像与实验
在样本处理、成像与分子捕获之间保持衔接，确保空间分析能够追溯到相应切片。
- 04
按区域开展比较
结合位置映射、区域划分、数据质量与实验批次解释表达差异，避免将技术差异当作组织差异。
样本与分析
样本范围与结果解释。
从新鲜冷冻组织开始
当前 ZYENRA-spatial v2 工作流面向 OCT 包埋的新鲜冷冻组织。来样不适用预固定或石蜡包埋组织；首次开展的组织类型应先讨论预实验。
从区域关联走向机制问题
区域表达、空间邻近与形态对应可以形成研究线索，但空间邻近不自动证明细胞相互作用或因果关系。细胞归属与边界解释还取决于数据和分析方法。
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